当公司利益受到损害时，可以采取以下措施进行处理：
内部处理
对于员工损害公司利益的行为，可以根据其严重程度要求承担损害赔偿责任或刑事责任。
若员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可依据劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且不得低于当地月最低工资标准。
股东责任
股东滥用权利损害公司或其他股东利益时，需依法承担赔偿责任。
股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任逃避债务，严重损害公司债权人利益时，应对公司债务承担连带责任。
法律途径
股东或其他相关方可以向法院提起诉讼，要求赔偿损失。
纠纷解决方式包括协商、调解、仲裁和诉讼。
其他措施
公司可召开股东会议决定处置办法。
股东可行使知情权、召集和主持股东会议、转让股权、请求公司收购股权、向人民法院提起诉讼等权利来维护公司或自身合法权益。
请根据具体情况选择合适的处理方式