根据提供的信息，月薪5万元，在扣除五险一金后，应纳税所得额计算如下：
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应纳税所得额 = 扣除五险一金后月收入 - 起征点
应纳个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
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假设五险一金扣除比例为10%，则扣除五险一金后的月收入为45000元（50000元 - 5000元）。适用税率为30%，速算扣除数为2755元。
代入公式计算：
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应纳个人所得税税额 = 45000元 × 30% - 2755元 = 13500元 - 2755元 = 10745元
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所以，月薪5万元，在扣除五险一金后，应缴纳的个人所得税为10745元