海关大楼上设置大钟的原因主要有以下几点：
历史原因
1893年建造的海关大楼是当时外滩最高的建筑物，其钟声从远处就能听到，起到了航标和灯塔的作用，帮助船舶快速定位并办理入境手续。
统一时间
早期，由于船舶来自世界各地，自备时钟误差较大，为了统一计算船舶吨税（按吨位和停泊天数计算），海关钟楼敲点成为官方统一报时的依据。
功能象征
大钟也象征着海关的权威性和准确性，以及其作为航标装置的功能，给城市带来生活节奏和旅游景致的点缀。
现代功能
虽然现代计时已不再依赖钟楼，而是采用标准的北京时间，但许多海关大楼依然保留钟楼作为历史遗迹和地标。
以上点列出了海关大楼设置大钟的主要原因，这些原因结合了历史、实用性和象征意义。