土壤中的细菌种类繁多，它们在土壤生态系统中扮演着重要的角色。根据细菌的营养方式，可以分为自养细菌和异养细菌：
自养细菌
硝化细菌：将氨态氮转化为硝态氮，为植物提供氮源。
硫黄细菌、 硫化细菌、 铁细菌、 氢细菌：能直接利用无机物氧化时释放的能量，同化二氧化碳进行营养。
异养细菌
枯草芽孢杆菌：促进植物生长，抗病防治，改善土壤环境。
乳酸菌：分解有机物质，产生有机酸，促进植物生长。
解磷菌：分解有机磷，将其转化为植物可吸收的无机磷。
固氮菌：将空气中的氮气转化为植物可吸收的氨态氮。
产酸杆菌：分解有机物质，产生有机酸，降低土壤pH值。
其他细菌种类
放线菌：介于细菌和真菌之间，分解纤维素和含氮有机化合物，产生抗菌素和激素物质。
变形菌（Proteobacteria）、 绿弯菌（Chloroflexi）、 拟杆菌（Bacteroidetes）、 放线菌（Actinobacteria）、 酸杆菌（Acidobacteria）：在不同土壤中可能为优势菌种。
土壤细菌对农业生产有重要影响，有益细菌如固氮菌、硝化细菌和腐生细菌对植物生长有益，而有害细菌如反硝化细菌可能对植物造成不利影响。施用有机肥可以促进微生物的生长和繁殖。