鱼类主要通过鳃进行呼吸。鳃位于鱼类头部的两侧，由鳃盖和鳃片组成，鳃片中有丰富的微血管。当水流经过鳃时，鳃丝中的血管与水进行气体交换，从而从水中提取氧气，并将二氧化碳释放到水中。大多数鱼类需要生活在水中以保持鳃的功能，因为鳃无法从空气中直接吸收氧气。
然而，有些鱼类具有辅助呼吸器官，可以在离开水的情况下短暂呼吸。例如，肺鱼可以使用其鱼鳔作为呼吸器官，而弹涂鱼可以利用皮肤和口腔黏膜进行呼吸。这些辅助呼吸方式通常用于鱼类在极端环境下的生存，如干旱或低氧条件。
需要注意的是，鱼鳃只能吸收溶解在水中的氧气，不能从空气中直接吸收氧气。因此，鱼类一旦离开水，就会因为无法补充氧气而窒息