水利部的主要工作包括：
水资源管理
保障水资源的合理开发利用。
实施水资源的统一监督管理。
拟定全国和跨区域水中长期供求规划、水量分配方案并监督实施。
水利工程管理
组织实施水利工程建设有关制度。
提出水利固定资产投资规模和方向，并组织实施。
指导监督水利工程建设与运行管理。
水资源保护
指导水资源保护工作。
组织编制并实施水资源保护规划。
指导饮用水水源保护、地下水开发利用和地下水资源管理保护。
节约用水
拟定节约用水政策，编制节约用水规划并监督实施。
组织实施用水总量控制等管理制度。
水文监测
负责水文水资源监测、国家水文站网建设和管理。
发布水文水资源信息、情报预报和国家水资源公报。
水土保持
拟订水土保持规划并监督实施。
组织实施水土流失的综合防治、监测预报。
防汛抗旱
承担国家防汛抗旱总指挥部的日常工作。
组织、协调、监督、指导全国防洪工作。
农村水利
指导农村水利工作，包括大中型灌排工程建设与改造、农村饮水安全工程建设管理等。
水事纠纷处理
协调和仲裁跨省、自治区、直辖市水事纠纷。
科技外事
开展水利科技和外事工作。
办理国际河流有关涉外事务。
其他
查处重大涉水违法事件。
指导水政监察和水行政执法。
落实综合防灾减灾规划相关要求。
组织编制洪水干旱灾害防治规划和防护标准并指导实施。
完成党中央、国务院交办的其他任务