王祖贤与齐秦的感情经历了许多波折，最终导致两人分手的原因主要包括以下几点：
私生子事件：
齐秦的前女友方美芳带着他们的私生子出现，要求齐秦支付抚养费，这件事情给王祖贤带来了巨大的压力，并导致她取消了与齐秦的婚礼。
感情中的不安全感：
王祖贤对齐秦的感情中，她欣赏他的浪漫和自由，但同时渴望安全感，而齐秦在这方面未能满足她。
齐秦的行为：
齐秦被爆经常流连酒吧夜场，与其他女性有亲密行为，加上他沉迷高尔夫球，这些行为让王祖贤感到失望。
王祖贤的失望：
王祖贤对齐秦隐瞒私生子的事情感到被欺骗和不尊重，这导致她对齐秦失去了信任和信心。
王祖贤的个人选择：
王祖贤在经历了感情的伤害后，选择退出娱乐圈，去国外留学，她追求的是平淡无拘无束的生活，不再想要被名利所累。
双方的矛盾：
齐秦和王祖贤之间存在不断的争吵和冷战，感情逐渐破裂，最终导致王祖贤单方面提出分手。
以上几点是王祖贤与齐秦分手的主要原因。两人的感情经历了许多起伏，最终没有走到一起，但他们的故事仍然被人们所记忆