藤原佐为消失的原因是他完成了自己的使命。在《棋魂》这部动漫中，佐为作为一位平安时代的棋士，他的灵魂被封印在棋盘上，并附身在主角进藤光身上，帮助他成长为优秀的棋士。佐为存在的意义是为了引导小光走向围棋之路，并让他见识到最接近于“神之一手”的棋局。当小光通过自己的努力，最终破解了佐为的棋局，佐为便感到自己的使命已经完成，随后便消失了。
佐为的消失虽然让人感到遗憾，但从另一个角度来看，这也是为了让小光能够独立成长，继续追求围棋的极致。佐为虽然离开了，但他的棋艺、精神以及对围棋的热爱将会被小光继承，并继续传承下去。