郑成功北伐南京失败的原因可以归纳为以下几点：
战略目标设定过高
郑成功在占领南京后，没有立即实施包围，而是等待清军增援部队入城，这反映了他有着非常高远的目标，想在一场大规模陆地决战中彻底击溃清军。然而，当时的战略优势在满清一方，连续小胜才是正确的战略。
轻敌与指挥失误
郑成功在多次战斗中保密攻击目标，导致错失良机。他未能及时发动攻击，错失了围困南京城的机会，同时未能果断阻止清军的援军，导致清军反攻，造成了郑成功上万兵力的巨大损失。
水战与陆地作战的局限
郑军擅长水战，在陆地作战并不擅长。在北伐南京的战役中，郑成功选择了水路，浪费了宝贵的时间，并未能充分发挥其水军优势。
内部矛盾与外部压力
郑成功虽然忠于南明皇帝，但地处东南，与永历朝廷相距较远，客观上朝廷难以直接指挥他。同时，郑成功在内部处理文武之争和党派之争上较为强硬，不愿受制于人，这在一定程度上影响了他的战略决策和执行。
后勤与补给问题
尽管郑成功拥有强大的后方基地和出色的后勤保障能力，但在南京战役中，他未能有效利用这些优势，导致在关键时刻缺乏足够的物资和人力支持。
时局变化与清军反击
郑成功在战略上犯下错误，未能及时适应时局的变化，清军利用郑成功围而不攻的战术，迅速集结兵力，最终反攻成功。
综上所述，郑成功北伐南京失败的原因是多方面的，既有战略上的失误，也有战术上的不足，同时还有内部和外部环境的制约。这些因素共同作用，导致了郑成功北伐的失败